Art. 75.
Rectorul realizează conducerea executivă a Universităţii şi reprezintă Universitatea în relaţiile cu Ministerul Educaţiei Naţionale, Consiliul National al Rectorilor, organisme interne şi internaţionale, precum şi cu orice persoane fizice sau juridice din ţară sau din străinătate.

Art. 76.
Rectorul universităţii este desemnat conform art.209 din Legea Educației Naționale nr.1/2011 prin una dintre următoarele modalităţi :
(1) pe baza unui concurs public, în baza unei metodologii aprobate de senatul universitar, conformă cu prezenta lege; sau
(2) prin votul universal, direct şi secret al tuturor cadrelor didactice şi de cercetare titulare din cadrul universităţii şi al reprezentanţilor studenţilor din Senatul universitar şi din consiliile facultăţilor.

Art. 77.
Modalitatea de desemnare a rectorului, dintre cele două variante prevăzute la articolul precedent, se stabileşte cu minimum 6 luni înainte de fiecare desemnare a rectorului, printr-un referendum organizat la nivelul universităţii. La acesta au dreptul de a-şi exprima opţiunea prin vot universal, direct şi secret toate cadrele didactice şi de cercetare titulare din cadrul universităţii, precum şi reprezentanţii studenţilor din Senatul universitar şi din Consiliile facultăţilor.

Art. 78.
(1) Pentru funcţia de rector pot candida personalităţi ştiinţifice sau academice cu activitate didactică şi ştiinţifică de excepţie, recunoscută pe plan naţional şi internaţional, şi care fac dovada acestei calităţi cu documente puse la dispoziţia Senatului.
(2) Persoanele care candidează pentru un mandat de rector, vor depune, în acest sens, o cerere la Senatul universitar, cu 15 zile calendaristice înainte de data alegerilor(concursului). Senatul se pronunţă prin vot asupra acceptării/neacceptării fiecărei candidaturi.
(3) Fondatorii Universităţii Apollonia din Iaşi pot candida pentru funcţia de Rector. În această situaţie dacă unul din fondatorii va fi ales/selectat pentru funcţia de rector, această funcţie se va numi Rector Fondator. Rectorul Fondator va avea atribuţiile stabilite rectorului universităţii, în conformitate cu prevederile Legii Educaţiei Naţionale.
(4) Rectorul este ales în acord cu prevederile legislaţiei în vigoare (art. 209 din Legea Educației Naționale nr. 1/2011) şi ale Cartei Universitare, pentru un mandat de 4 ani şi este confirmat de Ministrul Educaţiei Naționale

Art. 79.
(1) Rectorul poate fi demis dacă nu respectă contractul de management încheiat cu Senatul, dacă prin evaluarea Comisiilor de Specialitate ale Senatului se constată că activitatea sa este nesatisfăcătoare sau dacă desfăşoară activităţi contrare intereselor Universităţii.
(2) Inițierea preocedurii de demitere are la bază o moţiune de neîncredere semnată de cel puţin 1/3 din numărul membrilor Senatului. După dezbaterea moţiunii, hotărârea de inițiere a procedurii de demitere se adoptă prin vot secret, direct, cu o majoritate de cel puţin 2/3 din numărul membrilor Senatului.
(3) După aprobarea moțiunii de demitere, demiterea rectorului se face prin procedura prin
care a fost ales. Dacă rectorul a fost ales prin votul universal, direct şi secret al tuturor cadrelor didactice şi de cercetare titulare din cadrul universităţii şi al reprezentanţilor studenţilor din Senatul universitar şi din consiliile facultăţilor, propunerea de demitere va fi supusă votului acestora.
(4) Ministrul Educaţiei Naţionale îl poate revoca din funcţie pe Rector în condiţiile art. 125 din Legea nr. 1/2011.

Art. 80.
(1) Rectorul poate demisiona din funcţie prin înaintarea unui cereri scrise către Senat.
(2) Demisia este prezentată Senatului cu cel puţin 30 de zile lucrătoare înaintea intrării ei în vigoare.
(3) În cazul demiterii sau demisiei Rectorului, Senatul Universităţii procedează conform art.125 alin.(1) lit.(a) din Legea Educației Naționale nr. 1/2011. Rectorul nou ales în aceste condiţii completează mandatul Rectorului care şi-a întrerupt mandatul.

Art. 81.
Rectorul are următoarele atribuţii:
(1) realizează managementul şi conducerea operativă a universităţii, pe baza contractului de management;
(2) negociază şi semnează contractul instituţional cu Ministerul Educaţiei Naţionale;
(3) încheie contractul de management cu Senatul universitar;
(4) propune spre aprobare Senatului universitar structura şi reglementările de funcţionare ale
universităţii;
(5) propune spre aprobare Senatului universitar proiectul de buget şi raportul privind execuţia
bugetară;
(6) prezintă Senatului universitar, cel târziu până în prima zi lucrătoare din luna aprilie a fiecărui an, raportul privind starea universităţii prevăzut la art.130 alin.(2) din Legea Educației Naționale nr.1/2011. Senatul universitar validează raportul menţionat, în baza referatelor realizate de comisiile sale de specialitate. Aceste documente sunt publice;
(7) urmăreşte şi controlează aducerea la îndeplinire a hotărârilor Senatului şi ale Consiliului de Administraţie şi aplicării Cartei Universitare;
(8) prezintă Senatului, la sfârşitul mandatului un raport privind întreaga sa activitate;
(9) organizează concursul public pentru selectarea decanilor pe baza unei metodologii propuse de Rector şi aprobată de Senat;

Art. 82.
În exercitarea atribuţiilor sale Rectorul:
(1) este ordonator de credite;
(2) dispune utilizarea fondurilor Universităţii doar în conformitate cu Hotărârile Senatului;
(3) Reprezintă Universitatea în justiţie, în faţa instanţelor de arbitraj sau a altor organe cu atribuţii jurisdicţionale şi în raporturile cu instituţiile bancare;
(4) Încheie contractele individuale de muncă şi dispune încetarea acestora, în condiţiile legii, în numele universităţii;
(5) Reprezintă universitatea în raport cu autorităţile publice locale sau centrale, cu instituţiile publice;
(6) numeşte cadrele didactice şi de cercetare, în conformitate cu prevederile legale;
(7) acordă titlul de cadru didactic asociat;
(8) autorizează eliberarea actelor de studii;
(9) aplică, pe baza aprobării Senatului, sancţiuni membrilor comunităţii universitare în conformitate cu prevederile legale în vigoare;
(10) aplică, pe baza aprobării Consiliului de Administraţie, sancţiuni personalului auxiliar şi administrativ în conformitate cu prevederile legale în vigoare;
(11) numeşte şi revocă din funcţie Prorectorii, pe baza consultării Senatului Universitar;
(12) poate delega competenţele de ordonator de credite următoarelor persoane: Prorector, Preşedintele Universităţii, Președintele Senatului Universitar și Vicepreședintelui Universității;
(13) poate delega din competenţele sale unui prorector, în condiţiile legii;
(14) Rectorul poate delega prin decizie ca Secretarul Ştiinţific al Facultăţii să îndeplinească atribuţiile şi competenţele decanului facultății, până la desemnarea Decanului conform prevederilor Legii Educației Naționale nr.1/2011,
(15) deleagă competenţe administrative directorului general administrativ al Universităţii;
(16) stabileşte atribuţii temporare pentru prorectori;
(17) emite decizii şi instrucţiuni.
(18) semneaza toate documentele oficiale, interne si externe, ale universitatii.
(19) Rectorul universitatii in calitatea sa de vicepresedinte are in responsabilitate coordonarea comisiilor Consiliului de administratie(Didactic, Cercetare, Calitate, Biblioteca, Secretariatul Universitatii), fiind responsabil direct de buna desfasurare a procesului didactic, gestionarea actelor de studii, reprezentand universitatea in raport cu Ministerul Educatiei Nationale si ARACIS.

Art. 83.
(1) Rectorul universităţii are obligaţia să prezinte anual, cel târziu până în prima zi lucrătoare a lunii aprilie a fiecărui an, un raport privind starea universităţii. Raportul este făcut public pe site-ul universităţii şi este transmis tuturor părţilor interesate. Pentru întocmirea raportului rectorului privind
starea universităţii, decanii şi conducătorii celorlalte structuri din instituţie vor prezenta anual, până în
prima zi lucrătoare a lunii martie, rapoarte despre starea entităţilor coordonate.
(2) Raportul rectorului va conţine în mod obligatoriu:
a. situaţia financiară a universităţii;
b. situaţia fiecărui program de studii;
c. situaţia personalului universităţii;
d. rezultatele activităţilor de cercetare;
e. situaţia asigurării calităţii activităţilor din cadrul universităţii;
f. situaţia respectării eticii universitare şi a eticii activităţilor de cercetare;
g. situaţia posturilor vacante;
h. situaţia inserţiei profesionale a absolvenţilor din promoţiile precedente.
(3) Raportul anual al rectorului este o componentă a răspunderii publice şi constituie o condiţie fundamentală pentru accesul la finanţările din bugetul public.